Dwa ładunki wybuchowe z zapalnikami, 3 granaty łzawiące UGŁ-200, 38 sztuk naboi kaliber 9 mm do pistoletu P-64. Takie groźne i zakazane środki pirotechniczne wraz z ostrą amunicją odkryto w mieszkaniu na Chłodnej podczas przeszukania 12 grudnia 1983 roku.
Dodatkowo w tzw. tajnej garsonierze obywatela Popiełuszki (określenie używane przez propagandę PRL) znaleziono różne tytuły prasy podziemnej. Naliczono blisko 10 tysięcy egzemplarzy zakazanej prasy drugiego obiegu (ze szczegółowych spisów wynika, że w większości numery przeterminowane). W różnych publicznych wypowiedziach sugerowano, że ten lokal był wykorzystywany do nieetycznego życia warszawskiego księdza.
Arsenał materiałów wybuchowych i arsenał przeterminowanych ulotek oraz długa lista słów spisanych z różnych taśm i relacji stały się kolejnymi dowodami rzeczowymi w procesie przeciwko księdzu Jerzemu Popiełuszce.
Posiedzenie sądu z rozszerzonym aktem oskarżenia odbyło się 12 lipca 1984 roku. W jego pierwszej części zarzucono, że Jerzy Popiełuszko od 1982 roku do czerwca 1984 nadużywał wolności sumienia i wyznania. Wraz z treściami religijnymi zniesławiał władze państwowe, które miały posługiwać się fałszem i kłamstwem oraz antydemokratycznym ustawodawstwem. Tym samym „rządzący pozbawiają społeczeństwo swobody myśli i działania”. Dlatego Prokuratura Wojewódzka w Warszawie reprezentowana przez wiceprokurator Annę Jackowską twierdziła, że popełnił przestępstwo opisane w Kodeksie Karnym.
Druga grupa zarzutów brzmiała następująco: w okresie do 12 grudnia 1983 w Warszawie nie mając właściwego zezwolenia przechowywał 38 sztuk amunicji pistoletowej kaliber 9mm czym popełnił kolejne przestępstwo. Dodatkowo w tym samym czasie i miejscu nie mając właściwego zezwolenia przechowywał materiały wybuchowe w postaci termitu żelazowo-glinowego i dynamonitu skalnego wraz z detonatorami i przewodami elektrycznymi oraz trzy bojowe granaty łzawiące typu UGŁ 200, czym popełnił przestępstwo opisane w KK.
Ostatnia czwarta grupa zarzutów dotyczyła przechowywania w celu rozpowszechnienia nielegalnych wydawnictw o treści lżącej i poniżającej naczelne organy Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej, nawołujące do wystąpień antypaństwowych. Za te przestępstwa mógł być skazany na bezwzględne więzienie, mógł być zasądzony przepadek mieszkania i wysokie kary pieniężne.
Akta sprawy to ponad 1058 stron dokumentów. Do sądu przekazano protokoły przeszukań, liczne zeznania, korespondencję z różnych urzędów, fotografie z dekoracji kościołów, w których głosił kazania ksiądz Jerzy, stenogramy kazań, wycinki prasowe, dowody zarekwirowanych materiałów. Na potrzeby procesu sądowego dokonano ekspertyzy w zakładzie kryminalistyki Komendy Głównej Milicji Obywatelskiej. Stwierdzono, że naboje są produkcji polskiej. 15 sztuk wyprodukowano w 1975 roku a 23 sztuki w 1979 roku. Dokonano próby „odstrzału” z dedykowanego pistoletu P-64 kaliber 9 mm wzór Makarowa i stwierdzono, że naboje były sprawne. Sprawne były dwa granaty łzawiące. Przebadano oba ładunki wybuchowe i znaleziony zapalnik i lont prochowy. Też były sprawne.
Jerzy Popiełuszko zarówno podczas przeszukania jak i na rozpoczętym procesie odmówił składania zeznań i nie przyznał się do stawianych mu zarzutów. On i jego obrońcy: mecenas Tadeusz de Virion oraz adwokat Edward Wende szykowali się do kolejnej rozprawy.
Zapowiedź męczeństwa
Dopiero 24 sierpnia oskarżony Jerzy Popiełuszko otrzymał oficjalne zawiadomienie, że w oparciu o lipcową amnestię ogłoszoną z okazji 40-lecia PRL jego sprawa została umorzona. Wielu funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa, struktur siłowych i członków PZPR wyrażało swoje rozczarowanie. Wielu liczyło, że ks. Popiełuszko dołączy do brata w kapłaństwie, księdza Sylwestra Zycha, który od 1982 odbywał karę bezwzględnego więzienia. Sylwester Zych, został skazany za próbę obalenia siłą ustroju Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej i przynależność do organizacji zbrojnej. Powodem oskarżenia księdza było przechowywanie przez niego pistoletu TT, z którego został postrzelony sierżant MO Zdzisław Karos. Na wniosek prokuratury cztery lata odsiadki zostały podwyższone do 6 przez ówczesny Sąd Najwyższy. Sylwestra Zycha amnestia lipcowa nie uwolniła zza krat. Opuścił zakład karny w 1986 roku słysząc pogróżki że „resort o nim nie zapomni”.
Ksiądz Popiełuszko został zabity w niespełna 3 miesiące od amnestii. Księdza Sylwestra Zycha nieznani sprawcy zamordowali 11 lipca 1989 roku w Krynicy Morskiej.