Ksiądz Jerzy Popiełuszko został zamordowany. Ludzie z tajnych służb specjalnych – rodzimych lub obcych – spowodowali, że nie przeżył on porwania dokonanego na drodze z Torunia do Warszawy w okolicach Górska. Wcześniej trwały przygotowania. Był podsłuchiwany i przesłuchiwany, przeprowadzono wobec niego wiele prowokacji, donosili na niego tajniacy, komuniści, duchowni, znajomi.
W domenie publicznej, wśród obiektywnych badaczy historii jak i tych, którzy nie ukrywają swoich poglądów politycznych analizowana jest rola prymasa Józefa Glempa, który przez ostatnie 3 lata życia księdza Jerzego był jego przełożonym i pasterzem. Od 7 lipca 1981 roku piastował on funkcję arcybiskupa metropolity warszawskiego a także arcybiskupa metropolity gnieźnieńskiego, co łączyło się z przyznaniem godności Prymasa Polski. Wcześniej od 4 marca 1979 roku Józef Glemp był biskupem diecezji warmińskiej, a w ramach prac w Episkopacie Polski współprzewodniczył komisji wspólnej przedstawicieli rządu i episkopatu. Szybciej niż Prymas Tysiąclecia, po niespełna 4 latach, w lutym 1983 roku, został mianowany kardynałem.
Zarówno ksiądz Popiełuszko jak i prymas Glemp aktywnie uczestniczyli w życiu publicznym i politycznym lat 80. Zarządzając polskim kościołem prymas brał udział w spotkaniach także z politykami, w tym z gen. Wojciechem Jaruzelskim i Lechem Wałęsą. Jedno z nich odbyło się 4 listopada 1981 roku. Pięć tygodni później, już po wprowadzeniu stanu wojennego 13 grudnia 1981 roku, w kościele Matki Bożej Łaskawej w Warszawie w kazaniu apelował o zachowanie pokoju i spokoju. Natomiast 17 grudnia tego roku powołał Prymasowski Komitet Pomocy Osobom Pozbawionym Wolności i ich rodzinom.
Duszpasterska działalność kapłana Solidarności przed stanem wojennym była znana księdzu Józefowi Glempowi. Popiełuszko osobiście wspierał strajk w Wyższej Oficerskiej Szkole Pożarnictwa w listopadzie 1981 roku. Zakończony atakiem ZOMO i wojska z ziemi i powietrza oraz pacyfikacją i szykanami dla strajkujących studentów-strażaków. Uczestnicy zapamiętali, że ksiądz Jerzy był wśród nich – odprawił msze, spowiadał skruszonych do późnych godzin wieczornych. Ówczesny prymas Józef Glemp zgodził się, aby młodzieży z WOSP rozdać obrazek z jego podobizną i błogosławieństwem: „słowa modlitwy i jedności w cierpieniu śle Józef Glemp prymas”. Ksiądz Jerzy osobiście rozdawał je protestującym.
Po ataku 2 grudnia 1981 roku strajkujący i pracownicy zostali zmuszeni do opuszczenia terenu uczelni. Szkołę rozwiązano, aby w miesiąc później powołać Szkołę Główną Służby Pożarniczej. Ksiądz Jerzy towarzyszył studentom, którzy przenieśli się najpierw do biur regionu Mazowsze NSZZ Solidarność, a potem na Politechnikę Warszawską. Z delegacją studentów odwiedził Prymasa na Miodowej.
Po stanie wojennym
Dramatyczne decyzje, osobiste rozmowy i sprzeczne informacje – to krótki czas między grudniem 1981 a październikiem 1984. Podczas tych niespełna trzech lat często przecinały się drogi dwóch kapłanów, dochodziło wielokrotnie do spotkań księdza Jerzego i Prymasa. Są lepiej lub gorzej udokumentowane słowa. Po jednej z mszy za Ojczyznę ksiądz Jerzy miał powiedzieć: „księże prymasie, ale ludzie mnie potrzebują”. W późniejszej rozmowie prymas Glemp oznajmił Popiełuszce, że jest na pierwszym miejscu księży, którzy mogą być aresztowani. Lista miała być pozyskana od kierującego państwem gen. Jaruzelskiego. Na tę sugestię młody ksiądz miał odpowiedzieć: „nie zostawię ludzi, którzy mnie potrzebują. Jestem gotowy na wszystko”. Podczas spotkania opłatkowego w styczniu 1983 roku ze środowiskiem duszpasterstwa służby zdrowia na ul. Miodowej doszło do kolejnej rozmowy i jak zanotował ksiądz Jerzy w swoich zapiskach, prymas miał powiedzieć: „Kościół nie opuści narodu. Jak lekarz nie opuszcza chorego”. 4 miesiące później w maju 1983 roku ksiądz Jerzy uczestniczy we mszy pogrzebowej Grzegorza Przemyka, maturzysty pobitego przez milicjantów w warszawskim komisariacie na Starym Mieście. Uczeń zmarł w wyniku poniesionych obrażeń. Dla wielu uroczysta koncelebra była wielką manifestacją wiary, która odbyła się w milczącym kondukcie.
Medialna machina PRL
1 grudnia 1983 roku ksiądz proboszcz żoliborskiej parafii Teofil Bogucki nie przyjął wezwania adresowanego do księdza Jerzego na przesłuchanie. Minister kierownik Urzędu do Spraw Wyznań przesłał to wezwanie na adres kurii. W tym czasie ksiądz prymas miał oceniać jako cyniczny podstęp komunistów – rewizję przeprowadzoną w prywatnym mieszkaniu księdza Jerzego. Podczas niej miano znaleźć ulotki i ostrą amunicję. Wówczas na krótko aresztowano kapłana.
Przez kolejne tygodnie do sekretariatu Prymasa Polski wpływały listy ze skargami. Pojawiały się groźby, kto będzie Przemykiem nr 2. W rządowej prasie drukowano artykuły o wrogim działaniu obywatela Popiełuszki. Rzecznik rządu sam z siebie oceniał comiesięczne msze za Ojczyznę. Jednak podczas spotkania 15 lutego 1984 roku ksiądz Jerzy otrzymał książkę od prymasa o kardynale Hlondzie pod tytułem Sztygar Bożej kopalni. Znajdowała się tam odręczna dedykacja: księdzu Jerzemu Popiełuszce błogosławi Józef kardynał Glemp prymas Polski.
Czas próby
19 października 1984 roku został uprowadzony ksiądz Jerzy. Oficjalna informacja o jego uprowadzeniu została podana dzień później w dzienniku telewizyjnym. Ksiądz prymas był nad Bałtykiem, gdzie pojechał konsekrować konkatedrę w Kołobrzegu. Stamtąd udał się do Berlina. W Watykanie 24 października papież Jan Paweł II wyraził swoją jedność z modlącymi się w intencji księdza Jerzego. Następnego dnia prymas wystosował odezwę do wiernych, w której prosił o modlitwę o ocalenie i powrót księdza Popiełuszki do parafii. Zarządził, aby we wszystkich kościołach archidiecezji warszawskiej po każdej mszy świętej odmawiać modlitwę „Pod Twoją obronę” w intencji ocalenia kapłana.
26 października wieczorną mszę świętą w kościele św. Stanisława Kostki odprawił prymas Glemp. Mówił do wiernych: „choć dzisiaj głęboko wierzymy, że wróci do nas – nie mniej rozumiemy ofiarę nawet, gdyby ona sprowadziła się do pozbawienia wolności. Jest to dla nas bolesne. Tę boleść chcemy przeżyć po chrześcijańsku, a więc żadnego odruchu zemsty. Żadnego odruchu nienawiści, bo tak Chrystus znosił swoje cierpienie”. Wówczas po tej mszy świętej działacze Solidarności z Huty Warszawa wyrazili pretensje do Prymasa, że nie odwołał swojego wyjazdu do Berlina, wiedząc że ksiądz Popiełuszko został porwany. 27 października w dzienniku telewizyjnym generał Czesław Kiszczak stwierdził, że sprawcami porwania Popiełuszki są trzej funkcjonariusze Ministerstwa Spraw Wewnętrznych oraz że szybko zostanie wyjaśniona cała sprawa.
Jan Paweł II 28 października ponownie wrócił do porwania warszawskiego kapłana. W Watykanie mówił: „Drodzy Rodacy. Trwamy w modlitwie za księdza Jerzego Popiełuszkę i dziękujemy wszystkim, którzy tu w Rzymie i w całym świecie łączą się z nami w modlitwie w tej sprawie”. 30 października kardynał Glemp napisał list do rodziców porwanego kapłana, a tego samego dnia wieczorem podano komunikat o śmierci księdza.
Trzeci raz Jan Paweł II zabrał głos podczas audiencji generalnej 31 października 1984 roku. Mówił: „chrześcijanin powołany jest w Jezusie Chrystusie do zwycięstwa. Zwycięstwo takie nie jest odłączone od Krzyża. Zwyciężył już dziś – choćby leżał w ziemi. Niech wielka moralna wymowa tej śmierci nie zostanie niczym zakłócona ani przysłoniona.” Ówczesny prezydent Stanów Zjednoczonych Ronald Reagan w specjalnym oświadczeniu stwierdził: „Popiełuszko był orędownikiem wartości chrześcijańskich i odważnym rzecznikiem sprawy wolności. Jego życie było przykładem najwyższych ideałów ludzkiej godności. Jego śmierć umacnia stanowczość wszystkich kochających wolność narodów, aby być nieugiętym w swych przekonaniach. Duch Popiełuszki żyje nadal. Sumienie świata nie spocznie, dopóki sprawcy tego haniebnego przestępstwa nie zostaną doprowadzeni przed wymiar sprawiedliwości”.
Kardynał Józef Glemp o prawie 30 lat przeżył księdza z podlaskich Okopów. Wielokrotnie prywatnie i publicznie nawiązywał do śmierci błogosławionego patrona Solidarności. W maju 2000, w roku Wielkiego Jubileuszu, przy ołtarzu wyraził żal, że mimo podejmowanych wysiłków nie zdołał ocalić życia księdza Jerzego Popiełuszki.