Pod ręką Prymasa Tysiąclecia
Do Warszawy, do jednego z najstarszych polskich seminariów duchownych, skierował swe kroki Alek Popiełuszko. W czerwcu 1965 roku przyniósł on stosowny komplet dokumentów, prosząc o przyjęcie na uczelnię. Podanie maturzysty ze wsi Okopy, na którym swój zezwalający podpis złożył kardynał Stefan Wyszyński, wówczas ordynariusz archidiecezji warszawskiej, nosi datę 24 czerwca 1965 roku. Metropolita rokrocznie podejmował ostateczną decyzję o przyjęciach do warszawskiego Wyższego Seminarium Duchownego. Najprawdopodobniej to wtedy, po raz pierwszy, los przyszłego męczennika zależał od osobistej decyzji Księcia Kościoła.
Ścieżki życia młodego alumna, kapłana i ostatecznie rezydenta parafii Stanisława Kostki, krzyżowały się jeszcze wielokrotnie z Prymasowskimi. Wiemy, że w 1966 roku, po zakończeniu sesji egzaminacyjnej, jako alumn pierwszego roku uczestniczył ks. Jerzy w obchodach milenijnych w katedrze warszawskiej. Władze państwowe ostro rywalizowały z wiernymi i duchowieństwem organizując świeckie uroczystości. Dla władców PRL było to tysiąclecie Państwa Polskiego, dla polskiego Kościoła – Millenium Chrztu Polski. Z tego powodu dochodziło do szeregu prowokacji.
Największym z nich było aresztowanie obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej. Poświęcony przez papieża Pawła VI obraz Królowej Polski, od 1957 roku wędrował po kraju. W wyniku trzeciego aresztowania w Liksajnach (20.06.1965) ikona nie dotarła do stolicy. Przed i po uroczystościach odbywały się prowokacje, przepychanki, wykrzykiwano obraźliwe antykościelne hasła. Mimo to, peregrynacja nadal się odbywała – zamiast wizerunku Czarnej Madonny, w kolejnych parafiach wystawiano puste ramy i tron dla Królowej Polski.
W październiku 1968 roku, po zwolnieniu z wojska i pobycie w szpitalu, Alfons Popiełuszko wrócił do seminarium. Należał prawdopodobnie do ostatniego rocznika adeptów teologii, którzy przyjmowali święcenia niższe łącznie z tonsurą, czyli strzyżeniem włosów na czubku głowy. Poszczególnym, niższym święceniom przewodniczył lub zatwierdzał je Prymas Polski.
Na piątym roku studiów kleryk Popiełuszko oficjalnie zmienił imię z Alfons na Jerzy, na co 13 maja 1971 roku otrzymał zgodę Rady Narodowej w Dąbrowie Białostockiej. 28 maja 1972 roku – równo dziesięć lat przed śmiercią – Prymas Wyszyński położył ręce na głowie młodzieńca. Modlił się o potrzebne dla niego dary Ducha Świętego, namaścił dłonie olejem świętym, aby ręce młodego kapłana mogły błogosławić ludzi, udzielać rozgrzeszenia, dokonywać konsekracji w czasie Mszy świętej. Podobnie, jak każdy obdarowany święceniami, Jerzy usłyszał od ordynariusza osobiste pytanie:
Czy obiecujesz mnie i moim następcom cześć i posłuszeństwo? Przez kolejne lata swojej kapłańskiej służby w archidiecezji warszawskiej dał ks. Popiełuszko świadectwo wierności danej przysięgi.
Za zgodą księdza kardynała przyjął młody kapłan duchową opiekę nad pracownikami służby zdrowia. Z nimi organizował opiekę medyczną podczas I pielgrzymki Jana Pawła II do Ojczyzny (1979). Za wiedzą swojego proboszcza i także pasterza archidiecezji, 31 sierpnia 1980 roku, odprawił ks. Popiełuszko pierwszą Mszę Świętą dla pracowników Huty Warszawa. To on zadbał o posługę medyków i hutników, podczas pogrzebu Prymasa Tysiąclecia 31 maja 1982. Leżącego w szpitalu po zamachu Jana Pawła II reprezentował sekretarz Stanu Watykanu kard. Agostino Casaroli. Wśród duchowieństwa był Joseph Ratzinger (arcybiskup Monachium i Freising), który jako Benedykt XVI zezwolił, aby 6 czerwca 2010 roku dokonano beatyfikacji żoliborskiego męczennika.